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1、学术委员会:学术委员会是实验室的学术决策机构和评审机构。其主要职责是确定实验室的发展目标、学术研究方向和研究任务,制定研究基金指南,审定基金研究课题并决定资助经费额度,组织相关答辩及成果评价,审议实验室的年度研究工作报告和其他重大学术活动。学术委员会由13~15位工程热物理学科和相关学科领域的著名专家(学者)组成。其中中青年学术委员不少于三位之一,西安交通大学的学术委员不超过三分之一。学术委员会任期一般为五年,每次换届应更换三分之一以上委员。由西安交通大学学术委员会提名,报请国家教育部批准后成立。设主任1人,副主任委员2人,并设秘书1人协助主任委员处理日常事务。  
      2、实验室主任:实验室实行主任负责制,实验室主任全权负责实验室的日常学术活动和行政管理工作,重大事务应充分发扬民主,召开实验室正副主任、学术委员会主任、主要学术带头人和各研究室主任的联席会议充分讨论后,由实验室主任最后决定并负责实施。实验室另设副主任2名和主任助理2名协助主任管理实验室的日常事务。实验室主任由教育部聘任,并决定其任期,副主任及主任助理由实验室主任任命,实验室主任应每年向学术委员会和上级主管部门提交年度工作报告。 
      3、实验室下设4个专业方向研究室,其设置由学术委员会及实验室主任确定。研究室是实验室的基层研究单位,其主要职责是编制年度研究工作具体实施方案,组织专职研究人员和客座研究人员按项目计划开展实验研究和其他国际国内学术交流活动,管理并维持实验设施的正常运行,报告研究工作的进展和结果。各研究室的科研、实验室建设与运行管理、人才培养等工作由各研究室主任和学术带头人具体负责。 
      4、实验室设办公室,其主要职责是处理日常行政事务和科研项目管理,并负责实验室的科技档案和财产管理、材料供应、安全保卫等事项,并定期向实验室主任汇报实验室科研及财务方面的情况。